Den svenska arkeologen Louise Cantor hittar sin son Henrik död i hans lägenhet. Allt tyder på självmord, men Louise tror inte på det. Tillsammans med sin ex-man, Aron Castor, försöker hon följa Henriks sista tid i livet. Vägen leder rakt in i en skuggvärld som skapats i aidsepidemins spår, en värld som befolkas av människor som försöker sko sig på katastrofens offer. Det är cyniska spekulanter som säljer infekterat blod, forskningsteam som i sin jakt på ett vaccin genomför dubiösa och farliga tester och inte minst narkotikahajar som i bromsmedicinerna har hittat ytterligare en drog att handla med.Det är starka krafter som de utmanar. Louise och Aron inser snart att de precis som Henrik sätter sina liv på spel när de följer de spår som vindlar uppåt till mäktiga ekonomiska institutioner och in i maktens korridorer. Och för dem som börjat vandra på denna väg finns ingen återvändo.Kennedys hjärna är en gastkramande berättelse om den stora kollektiva lögn som Europa och Västvärlden lever under i aidsepidemins epok.