Rien ne va plus dans la vie d'Owen depuis que son père est mort en prison, accusé d'un crime qu'il n'aurait pas commis. Au lycée, le garçon fait la connaissance de Monroe, un informaticien qui lui propose d'utiliser l'Animus, une machine qui permet, grâce à l'ADN, d'explorer le passé de ses ancêtres. Owen accepte. Au cours de l'expérience, il remonte à l'époque des Conquistadors, au Mexique, et découvre l'existence de la dague d'Hernan Cortès, un fragment d'Eden aux pouvoirs mystérieux. Monroe lui explique que, depuis la nuit des temps, deux organisations secrètes - la Confrérie des Assassins et l'Ordre des Templiers - sont prêtes à tout pour s'emparer de cette relique.
Pour empêcher que celle-ci ne tombe entre leurs mains, Monroe fait appel à six adolescents, - Owen et son ami Javier, Sean, Grace, David et Natalya - car leur ADN comporte une mémoire commune : leurs ancêtres ont tous été à une certaine époque en contact avec la relique. Grâce à l'animus, Monroe les envoie dans le passé avec un objectif : récupérer la dague d'Hernan Cortès. C'est ainsi que le petit groupe se retrouve en plein coeur de New York, en 1863 à la veille des violentes émeutes qui ont secoué la ville. Chacun se retrouve projeté dans le corps de l'un de ses ancêtres, templier ou assassin... Mais attention : influer sur le passé peut avoir de terribles conséquences sur le présent...