Stârpiți răul de la rădăcină, împușcați copiii povestește experiența din timpul celui de-al Doilea Război Mondial a unui grup de băieți orfani, evacuați din școala de corecție și rătăcind în căutarea unui adăpost. După trei săptămâni, ei reușesc să ajungă într-un sat de munte și sunt dați în grija sătenilor, care-i tratează cu neîncredere și-i păzesc cu arma în mână. Lucrurile se agravează odată cu izbucnirea unei molime: locuitorii intră în panică și părăsesc satul, izolându-l din exterior. Rămași singuri, băieții supraviețuiesc furând din proviziile lăsate în urmă de țărani și organizându-se precum adulții printre care au trăit. După întoarcerea localnicilor, viața li se complică însă, iar supraviețuirea nu li se mai pare ușoară, căci vor fi sechestrați și amenințați cu moartea dacă nu păstrează secretul izolării lor.