In seinen religionsphilosophischen Schriften argumentierte Lessing gegen den Glauben an die Offenbarung und gegen das Festhalten an den „Buchstaben" der Bibel durch die herrschende Lehrmeinung. Dem gegenüber vertraute er auf ein „Christentum der Vernunft", das sich am Geist der Religion orientierte. Er glaubte, dass die menschliche Vernunft, angestossen durch Kritik und Widerspruch, sich auch ohne die Hilfe einer göttlichen Offenbarung entwickeln werde. Um eine öffentliche Diskussion gegen die orthodoxe „Buchstabenhörigkeit" anzuregen, veröffentlichte er in den Jahren 1774 bis 1778 sieben Fragmente eines Ungenannten, die zum so genannten Fragmentenstreit führten. Sein Hauptgegner in diesem Streit war der Hamburger Hauptpastor Johann Melchior Goeze, gegen den Lessing unter anderem als Anti-Goeze benannte Schriften von Hermann Samuel Reimarus herausgab. Ausserdem trat er in den zahlreichen Auseinandersetzungen mit den Vertretern der herrschenden Lehrmeinung (z.B. ebenfalls im Anti-Goeze) für Toleranz gegenüber den anderen Weltreligionen ein. Diese Haltung setzte er auch dramatisch im Drama Nathan der Weise um, als ihm weitere theoretische Veröffentlichungen verboten wurden. In der Schrift Die Erziehung des Menschengeschlechts legte er seine Position zusammenhängend dar.