突如上空に現れた機械の鎧を纏う少女たちによって、日本は壊滅状態に陥る。そんな中、子どもばかりの謎の都市｢ビゲートピア｣に迎えられた静矢だったが、機密を知った疑いで監禁される。 一方、機甲少女たちのリーダーであるルシャナは、捕らえられた部下シュラを処分するためビゲートピアに向かう。しかし、静矢たちと出会ったことで、冷酷だった彼女の心に変化が......。