Le interesa más que todo la heterodoxia de los doctos, las opiniones aberrantes más o menos identificables con las herejías clásicas que condenaron los concilios, aventuras del espíritu que se rozan con la teología especulativa y la metafísica.

Se asoma poco a la turbia realidad de las supersticiones vulgares, a la depravación de la práctica religiosa y de las costumbres clericales. Bien es cierto que nadie había emprendido aún la ruta de la sociología religiosa retrospectiva.

Pero he aquí que Medina descubre esta vía sin buscarla, o mejor dicho, reconoce el terreno que ofrece posibilidades para abrirla. Las cuestiones de fe o ideas religiosas no le interesaban mayormente. Esto es lo que expresa el gran chileno al decir que se lanzó a la exploración del «tema histórico» del Santo Oficio sin pensar «en la parte religiosa del asunto».

Fue a Simancas en busca de documentos. Sabía que los fondos de la Inquisición encerraban mucho más que los hechos reseñados por Ricardo Palma en sus Anales de la Inquisición de Lima (1863), obra primeriza del joven desenterrador de anécdotas del pasado colonial.

Lo que encontró Medina fue de tanto bulto, y rebasaba tanto los límites de su preocupación nacional que hubo de despertar en él la vocación de abarcar en sus investigaciones eruditas toda la América española. Efectivamente, hasta que, a principios del siglo XVII, se creó el tribunal de Cartagena de Indias, el de Lima comprendía toda América del Sur en su jurisdicción. Limitarse a lo chileno hubiera significado un enorme desperdicio de documentación y una arbitraria mutilación de la realidad.