Monroe utilise l'Animus pour envoyer Owen et ses amis en Chine au temps des conquêtes mongoles, afin qu'ils trouvent le deuxième morceau du trident d'Éden. Si Sean rejoint sans hésiter l'Ordre des Templiers durant cette mission, les autres ne parviennent pas à choisir leur camp. Le Templier Isaiah finit par s'emparer de la relique, révélant sa réelle ambition : la conquête du monde. Il possède déjà le premier morceau et sait où se trouve le dernier... Assassins et Templiers s'associent désormais pour mettre fin à ses agissements criminels.