Johannes plågas av sitt samvete över vad han gjort, men förblir hertig Karl trogen. Landets nye kung Sigismund gästar Stockholm, där hans katolska följe väcker vrede. Johannes tvingas rycka ut för att stoppa handgemäng och griper en ung polsk man som visar sig tala svenska, något som väcker Johannes misstankar om vem han är. Kampen om makten mellan hertig Karl och hans brorson Sigismund kulminerar i öppet krig och Johannes deltar i slaget vid Stångebro. Där återser han den unge mannen på fiendesidan. För att förhindra ynglingens död begår Johannes en handling som sätter hans eget liv på spel...

Kungasonen är den sjätte delen av sex i en historisk romanserie som för lyssnaren tillbaka till det omvälvande och farliga 1500-talet, en tid som inte är alltför olik vår egen.